14 сентября 1935 года СНК СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление о начале строительства Рыбинского и Угличского гидроузлов. По первоначальному проекту высота зеркала воды над уровнем моря Рыбинского водохранилища должен был составлять 98 м. 1 января 1937 года эта цифра была изменена на 102 м, что увеличивало количество затапливаемых земель почти вдвое. Увеличение подпорного уровня было связано с тем, что эти 4 метра позволяли увеличить мощность выработки Рыбинской ГЭС с 220 до 340 МВт.
Город Молога лежал на отметке 98 м над уровнем моря и, таким образом, попадал в зону затопления.
Осенью 1936 года моложцам было объявлено о грядущем переселении. Местные власти решили уже до конца года переселить около 60 % жителей города и вывезти их дома, невзирая на то, что было невозможно успеть за два месяца, оставшихся до замерзания Мологи и Волги, кроме того, сплавляемые дома остались бы сырыми до лета. Однако, выполнить это решение не удалось — переселение жителей началось весной 1937 года и длилось четыре года.
После сооружения Рыбинской ГЭС и водохранилища, территория города затоплена, жители были переселены.
Часть жителей, которые отказались от переселения, погибла при затоплении города (по официальным данным, их число составило 294 человека).
В 1992—1993 годах уровень Рыбинского водохранилища понизился более чем на 1,5 метра. Уровень водохранилища колеблется, и приблизительно раз в два года Молога показывается из воды. Обнажаются мощёные улицы, контуры фундаментов, кованые решётки, надгробия могильные плиты на кладбище.
Уголок земли, угодный Богу,
Вешнею водою унесло...
Расскажи мне, мама, про Мологу,
Только не печально, а светло.
Расскажи о незабытом прошлом,
Не замытом сроком и песком,
Повтори, как тот узор на прошве,
Что в Мологе связан был крючком.
Не про то, как разрушали храмы,
На родных погостах жгли кресты, -
Расскажи, как перед образами
От мирской спасались суеты.
Как звучал призывно, вдохновенно,
Колокольный перезвон живой,
Как в субботу мыли непременно
В доме пол, до белизны, сдресвой
Не о том, как вынимая рамы,
Связывали гонки из домов,
Расскажи, как в ночь и утром ранним
Слушали последних соловьев.
...Да не ведать уж того Мологе,
Как, домой, вернувшись, соловьи,
Словно заплутавшие в дороге,
Мест своих родимых не нашли.
...Расскажи мне, мама, про Мологу,
Распахни в ушедшее окно,
Я себе возьму твою тревогу,
Расскажи ... Но мамы нет давно.
З.ГОРЮНОВА
